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Check consistency of PFS definition Check that PFS is defined consistently with TTP and OS in a dataset. This convenience function compares pfs.durn with the lower of ttp.durn and os.durn, and checks that the event field pfs.flag is consistent with ttp.flag and os.flag (is 1 when either ttp.flag or os.flag is one).

Source: R/datasets.R
check_consistent_pfs.Rd

Check consistency of PFS definition Check that PFS is defined consistently with TTP and OS in a dataset. This convenience function compares pfs.durn with the lower of ttp.durn and os.durn, and checks that the event field pfs.flag is consistent with ttp.flag and os.flag (is 1 when either ttp.flag or os.flag is one).

Usage

check_consistent_pfs(ds)

Arguments

ds

Tibble of complete patient-level dataset

  • ttp.durn, pfs.durn, and os.durn are the durations of TTP (time to progression), PFS (progression-free survival), and OS (overall survival).

  • ttp.flag, pfs.flag, and os.flag, and pps.flag are event flag indicators for TTP, PFS, and OS respectively (1=event, 0=censoring).

Value

List containing:

  • durn: Logical vector comparing expected and actual PFS durations

  • flag: Logical vector comparing expected and actual PFS event flags

  • all: Single logical value of TRUE if all durations and flags match as expected, FALSE otherwise

Examples

ponc <- create_dummydata("pharmaonc")
check_consistent_pfs(ponc)
#> $durn
#>   [1] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#>  [16] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
#>  [31] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
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